В игре, где есть "герои" всегда есть и враги. И Warframe - не исключение. На полях сражений игроку предстоит столкнуться с тремя враждебными фракциями: Гринир, Корпус, и Зараженные. Также есть еще одна фракция - Порабощенные, встречающаяся лишь в Башнях Орокин. У каждой фракции свои сильные и слабые стороны.